Na zapadnom delu Starog jezgra Zemuna razvijanom od početka XVIII veka, položen je leta 1776. godine kamen temeljac za novu pravoslavnu crkvu čije je gradjenje finansiralo stanovništvo Zemuna, srpske, grčke i cincarske nacionalnosti.
Crkva je završena 1780. godine, kao jednobrodna kasnobarokna gradjevina sa poluobličastom apsidom i plitkim pevnicama, a krajem XVIII veka, 1794-1795. dobila je visoki zvonik na zapadnoj strani. Izvori navode da je „nova“ crkva kako je nazvana u narodu, služila verskim potrebama jednovernih Grka, Cincara i Srba koji su davali doprinos za njeno izdržavanje. Obredi su se vršili na crkvenoslovenskom, a u odredjenim danima, do 1914. godine, i na grčkom jeziku.
Hram sa portom bio je centar u kome se organizuje crkvena, prosvetna i kulturna delatnost zemunskih Srba u toku 19. veka. Školska slava Sv. Sava se obeležava prvi put u Zemunu 1812. godine. Gradi se srpska škola 1822. u kojoj se 1825. osniva biblioteka. Dom Srpske pravoslavne crkvene opštine se gradi kao reprezentativno zdanje 1909. godine, prema projektu zemunskog arhitekte Koste Atanackovića Stanišića. U crkvi se nalazi bogati barokni ikonostas koji je 1788. godine rezao piltor Aksentije iz poznate zanatske porodice Marković. Ikone su rad Arsenija Teodorovića vrsnog i produktivnog ikonopisca i slikara barokno-rokajnog stila, koji 1815. godine na zemunskom ikonostasu primenjuje postulate klasicizma. Iste godine postavljeno je veliko crkveno zvono.
Arsenije Teodorović je oslikao zidne slike na prvom svodu ispod ikonostasa i prvom luku ispred oltara. Oslikao je i arhijerejski tron sa predstavom Sv. Sava nad očevim grobom izmiruje braću, uvodeći ovu istorijsku scenu u našu noviju umetnost. Ikona Zaštitnice sa zlatnom pozadinom i baroknim ornamentima, na Bogorodičinom prestolu, je radjena krajem 18. veka. Bazis Bogorodičinog prestola je ukrašen ikonom „Živopriemni istočnik“ koju je 1864. godine izveo slikar Živko Petrović, sin rodoljubivog zemunskog kovača Jovana, okivača ustaničkih topova. Ulje na platnu, Sv. Sava blagosilja Srpčad, rad istog autora iz 1841. godine, nalazi se u Domu srpske crkvene pravoslavne opštine. Ruski slikar Andrej Bicenko je 1937. godine oslikao u “al seco” tehnici scene Hristovog života u priprati, naosu, horu i oltaru. U horu na monumentalnoj kompoziciji „Beseda na gori“ predstavio je lik tragično stradalog ruskog cara Nikolaja II.
Crkva poseduje bogatu riznicu i zbirku knjiškoarhivskog materijala iz kojeg se izdvaja moskovsko Jevandjelje iz 1782. godine, sa crtežima arhimandrita manastira Bogovadje i Voljavče Hadži Ruvima, iz 1788. godine. Crkva je više puta restaurisana: 1880, 1944-1947, 1958, 1979-1980 i nedavno 2000-2001. godine, kada je obnovljeno zidno slikarstvo, postavljen novi pod i podno grejanje. Radovi na obnovi nadgrobnih ploča na kojima su natpisi na grčkom i crkvenoslovenskom, na južnoj i severnoj fasadi, izvedeni su 2010. godine.
Bogorodičina crkva je najveći hram lociran u prostorno kulturno-istorijskoj celini Staro jezgro Zemuna, markantna vertikla koja se pomalja iz ravni zemunskih krovova i učestvuje u formiranju siluete grada s Dunava, Gardoša i Ćukovca. Proglašena je za spomenik kulture 1992. godine i predstavlja celinu sa Domom Srpske pravoslavne crkvene opštine, sa kojim se nalazi na istoj parceli.
