У свом свакодневном раду Завод за заштиту споменика културе остварује сарадњу са Управом града Београда, а нарочито са:

• Кабинетом Градоначелника Града Београда
• Секретаријатом за културу
• Секретаријатом за урбанизам
• Секретаријатом за стамбено-комуналне послове
• Секретаријатом за информисање
• Секретаријатом за заштиту животне средине
• Секретаријатом за привреду

Такође се редовно остварује сарадња са осталим градским установама културе, јавним комуналним предузећима, осталим јавним предузећима и Туристичком организацијом Београда.